新冠病毒的溯源研究不仅是重要的科学问题，也是全球关注的热点。2021年9月29日，中国科学院微生物研究所王奇慧研究员，联合中国科学院北京基因组研究所(国家生物信息中心)陈华研究员，中国科学院微生物研究所施一研究员，中国科学院西双版纳热带植物园Alice C. Hughes副研究员，中国疾病预防控制中心病毒病预防控制所刘军研究员，清华大学环境学院蒋靖坤教授，中国疾病预防控制中心主任、中国科学院微生物研究所高福院士，中国科学院北京基因组研究所(国家生物信息中心)薛勇彪研究员，以及北京化工大学童贻刚教授在Cell Research杂志发表研究亮点文章，回顾历史上重要病毒的溯源经验与发现，总结新冠病毒的溯源研究进展，为新冠病毒的科学溯源研究提供了重要思路。
新发和再发传染病是对全球健康、经济和安全的重大威胁。自SARS和MERS冠状病毒引发疫情以来，在实验数据和病毒传播规律的相关研究支持下，科学界已经普遍认为下一次由冠状病毒引发疫情只是时间问题。为有效改变这种趋势，应对未来的新发传染病，研究新发现病原体的源头和中间宿主十分必要。以过去人类与冠状病毒、流感病毒、艾滋病毒等的“战疫”历史为鉴，研究人员指出，新冠病毒溯源的科学研究需要关注：寻找到具有相关地理和生态关联的宿主，需要积累大量的数据，同时也要谨记暴发地不等于起源地。目前，全球范围内多项研究表明：中国、柬埔寨、日本、泰国、英国、保加利亚、肯尼亚等地的菊头蝠均携带新冠相关冠状病毒，提示这类蝙蝠可能是新冠病毒的自然宿主。其中，蝙蝠冠状病毒RaTG13与新冠病毒基因组相似性为96.2%。但是，在序列方面，RaTG13与新冠病毒仍相差1100多个碱基。
高福院士与王奇慧、齐建勋等团队合作，于2021年5月24日发表Cell 文章，指出在结合受体的特征以及宿主范围方面，RaTG13与新冠病毒具有显著差距。结合序列分析，说明RaTG13不是新冠病毒的直接祖先，二者具有共同祖先。目前研究提示穿山甲是可能的中间宿主之一，穿山甲中至少存在两种新冠相关冠状病毒GX/P2V/2017以及GD/1/2019.水貂也可能是中间宿主，它是唯一已知的暴发新冠疫情的动物，而且水貂中传播的新冠病毒又发生了感染人事件，提示新冠病毒在水貂中的感染和传播具有良好的适应性，因此水貂可能在新冠病毒的演化中发挥了作用。
依据“战疫”经验，新冠病毒从自然宿主到中间宿主的传播，需要两种宿主地理接近，并具有生态联系。研究人员选取了菊头蝠、穿山甲和水貂进行进一步分析。通过对98种菊头蝠、8种穿山甲以及欧洲水貂的全球分布区域进行分析，结合全球多地新冠相关冠状病毒的检出情况，研究人员提出，包括东南亚、中国南部、南亚、欧洲，以及撒哈拉以南非洲在内的全球多个地点，均是冠状病毒进化的热点地区，可能在新冠病毒的演化中发挥作用。
因此，需要对这些地点的冠状病毒进行检测与监测，才有可能找到新冠病毒的源头。另外，通过进化分析，作者认为早期新冠病毒序列主要分为两类，而武汉华南海鲜市场的新冠病毒属于出现时间较晚的一类。
因此，华南海鲜市场中的新冠病毒可能来自于其他地方。武汉作为一个国际化城市，在疫情之前世界各地的航班飞来这里，特别是东南亚地区的客运和货运航班。其中，很多东南亚航班的出发地就有菊头蝠和穿山甲。这些菊头蝠就携带新冠相关冠状病毒。WHO-中国溯源联合报告也认为，通过冷链/食品链引入新冠病毒的可能性是存在的。
武汉在新冠疫情暴发之前就具有通过冷链引入新冠病毒的风险。在本研究发表的同时，新证据不断出现，例如美国的白尾鹿中检测出了新冠病毒的抗体，老挝的菊头蝠中发现了比RaTG13更接近新冠病毒的冠状病毒(96.8%)。因此，正如对流感病毒、艾滋病毒等溯源一样，对新冠病毒的溯源需要长期的、耐心的科学研究，需要全球科学家广泛合作和共同努力，积累大量的数据，才有可能判定新冠病毒的源头、中间宿主和传播途径。